Když je Shepard vyslán na výzkumnou základnu Cerbera, která z neznámých důvodů přerušila kontakt, najde tam zástupy Gethů. Jediný přeživší, hlavní vědec Archer, vykresluje zoufalý obraz: pokus o spojení lidského dobrovolníka s virtuální inteligencí vytvořil nebezpečného hybrida „VI overlord“. Běsnící hybrid napadl již tři jiné základny Cerbera a přivlastnil si veškeré nalezené technologie s cílem osvobodit se – a vypustit Gethy na celou planetu. Jestliže Shepard nepronikne do pevnosti VI a neudělá všemu přítrž, tato vražená inteligence opustí planetu a začne šířit chaos v jiných systémech. Přidává pět nových oblastí a dva nové herní úspěchy.
